Коллектив ПоликлиникиВеликая Отечественная война для медицинских работников всей страны стала настоящим испытанием. В 1941 году в передовице газеты «Правда» стратегическая задача, стоящая перед медициной, была сформулирована так: «Каждый возвращенный в строй воин — это наша победа».
Центральная поликлиника Лечебно-санитарного управления Кремля в июне 1941 г. начала готовиться к эвакуации. Архив Поликлиники согласно особому распоряжению был уничтожен, поэтому не сохранилось никаких довоенных медицинских документов и историй болезни.
22 июля 1941 г. в город Куйбышев (ныне — Самара) вместе с медицинским оборудованием было эвакуировано 25 сотрудников Поликлиники, чтобы создать больнично-поликлиническое отделение Лечсанупра. Московским медикам было выделено пять комнат в здании санитарной части Управления НКВД по Куйбышевской области. В одной из них располагалась аптека, в остальных работали врачи, при этом каждый кабинет использовался двумя специалистами посменно. Иногда врачи принимали пациентов у себя на дому. С целью недопущения возникновения эпидемий вблизи вокзала был организован санитарный пропускник. С августа 1941 по апрель 1943 г. через него прошло 13 тысяч человек.
Во время эвакуации правительственных учреждений увеличилось и число пациентов, в связи с чем, было расширено и больнично-поликлиническое отделение. Теперь оно занимало уже все здание санчасти НКВД, где было развернуто 20 коек.
Во время войны Куйбышев фактически стал второй столицей СССР, здесь собрался весь цвет медицины. Там выступали с докладами, консультировали пациентов в больницах и госпиталях академик С. И. Спасокукоцкий, заслуженные деятели науки В. Н. Виноградов, М. П. Киреев, М. П. Кончаловский, Р. М. Фронштейн, профессора М. М. Гинзберг, М. Б. Коган, Б. В. Огнев, Б. С. Преображенский. Под руководством С. И. Спасокукоцкого был организован городской институт переливания крови. 
Работники Санотдела вместе с областной малярийной станцией выявляли и ликвидировали очаги малярии по берегам Волги.
Часть сотрудников Центральной поликлиники остались в Москве. С 1942 по 1944 г. профессора и врачи более 80 раз выезжали на фронт. На базе Кремлевской больницы и Центральной поликлиники в 1941 г. создается Больнично-поликлиническое отделение Лечсанупра в Москве.
Врачи Поликлиники оказывали медицинскую помощь не только прикрепленному контингенту. В 1941 г. на станции метро «Коминтерн» (с декабря 1946 г. — «Калининская», сегодня — «Александровский сад») работал медпункт, где во время налетов и бомбежек было организовано дежурство.
Поддерживая инициативу трудящихся Московского автозавода, других предприятий и организаций столицы и Подмосковья, медики организаций Лечсанупра Кремля, в том числе и Поликлиники, в январе 1943 г. приняли активное участие в сборе средств на строительство авиационной эскадрильи «Москва», которая была включена в соединение с одноименным названием. Вклад медиков в укрепление оборонной мощи страны был отмечен благодарственным письмом от Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина. В состав соединения вошли также эскадрильи «Малый театр — фронту» и «Веселые ребята», построенные на средства артистов Малого театра и оркестра Леонида Утёсова.
В начале 1942 г. коллектив Центральной поликлиники Лечебно-санитарного управления Кремля взял шефство над военным госпиталем № 4634. Профессора и врачи проводили там консультации, нянечки и медсестры приходили в госпиталь на дневные и ночные дежурства. Только в течение 1943 г. было проведено 1685 консультаций, организовано 626 дежурств.
Постепенно эвакуированный персонал Поликлиники вместе с оборудованием возвращался в Москву, где начиналось восстановление деятельности лечебных учреждений. Сильно пострадали здания на улице Грановского и на Воздвиженке. Их отремонтировали в рекордно короткие сроки — к середине 1942 г.
К апрелю 1943 г. из эвакуации вернулись все сотрудники Лечсанупра Кремля, и больнично-поликлиническое отделение в Куйбышеве полностью прекратило свое существование.
К концу 1943 г. Центральная поликлиника полностью восстанавливает свою деятельность. Не прекращалась в годы войны и научная работа, проводимая советскими медиками, в том числе профессорами и консультантами системы Лечсанупра Кремля. Многие результаты научных исследований тут же внедрялись в практику. Так, профессор И. А. Кассирский, разработал внутригрудинный способ переливания крови, придумал метод транспортировки консервированной крови на сверхдальние расстояния — до 8 тысяч километров (до этого кровь пересылалась всего лишь на 60 километров), что имело огромное значение для своевременного лечения раненых. Главный хирург Красной армии академик Н. Н. Бурденко и его ученики предложили методику лечения травм нервной системы. Научные работы Н. Н. Бурденко легли в основу учения о лечении ран, профилактики и лечения шока, вызванных ранами инфекций. На фронте и в тылу широкое распространение получил метод местного обезболивания, разработанный А. В. Вишневским — он применялся в 85—90 % случаев. В организации военно-полевой терапии и оказания неотложной помощи большой вклад внесли учёные-терапевты М. С. Вовси, А. Л. Мясников, П. И. Егоров и другие.
В эти тяжелые годы многие из кремлевских врачей, большей частью люди пожилого возраста, встали на защиту Родины. Они возглавляли военные госпитали, были главными специалистами армий и фронтов. Некоторые ушли на фронт добровольцами, воевали с оружием в руках, многие из них погибли, защищая независимость Отечества. Всего же за годы войны потери медицинской службы СССР составили 210 тысяч человек, из них погибли или пропали без вести более 85 тысяч медиков (5000 врачей, 9000 средних медицинских работников, 23 000 санитарных инструкторов, 48 000 санитаров и санитаров-носильщиков).
Большая война — это всегда колоссальные жертвы. Но наши потери в Великой Отечественной могли быть куда более сокрушительными, если бы не подвиг людей, боровшихся за жизни раненых и больных воинов. В 1941—1945 гг. врачи, фельдшеры, медсестры и санитары поставили на ноги около 17 миллионов солдат и офицеров Красной армии — 72,3 процента раненых и 90,6 процента заболевших возвратились в строй. А всего за период войны в лечебных учреждениях всех наименований было госпитализировано более 22 миллионов человек. Анализируя приведенные цифры, участник Великой Отечественной войны, академик РАМН генерал-полковник медицинской службы Ф. И. Комаров сделал вывод: «Война была выиграна в значительной степени солдатами и офицерами, возвращенными в строй медицинской службой». «Армии и отдельные соединения, — писал маршал К. К. Рокоссовский, — пополнялись в основном солдатами и офицерами, вернувшимися после излечения из фронтовых, армейских госпиталей и из медсанбатов. Поистине наши медики были тружениками-героями. Они делали всё, чтобы скорее поставить раненых на ноги, дать им возможность снова вернуться в строй». Многие отечественные военачальники отдавали должное работе медиков в годы войны, признавая великий вклад в общее дело победы над фашизмом. Значительно вырос за эти годы и авторитет медицинских работников. М. И. Калинин, вручая 20 мая 1943 г. звезду Героя Социалистического Труда Н. Н. Бурденко, сказал: «Награждение тов. Бурденко имеет большое политическое значение. Это награждение означает, что медицинское обслуживание нашей Красной Армии стоит в одном ряду с авиационным, артиллерийским обслуживанием, что медицинские работники в рядах армии столь же нужны, как бойцы и командиры».
Во время войны были удостоены звания Героя Советского Союза 47 медиков. Тринадцати руководителям медицинской службы вручены ордена. В целом более 116 тысяч человек личного состава военно-медицинской службы и 30 тысяч тружеников гражданского здравоохранения, в том числе и системы Лечсанупра Кремля, отмечены в годы войны государственными наградами.
Среди награжденных боевыми наградами, были и те, кто после войны надолго связал свою судьбу с Поликлиникой. 
Это — фронтовики-орденоносцы Людмила Владимировна Ачкасова, Валентин Дмитриевич Болотин, Иван Дмитриевич Загребаев, Евдокия Павловна Деркач, Евдокия Ивановна Егорова, Николай Александрович Земсков, Василий Иванович Ивушкин, Василий Иванович Исаков, Владимир Васильевич Кононыхин, Зоя Ивановна Князева, Алексей Кузьмич Маяков, Лидия Владимировна Терская, Ольга Дмитриевна Федорова и другие.
Сегодня в Поликлинике помнят обо всех ветеранах, рассказы об их подвигах во время Великой Отечественной войны переходят из уст в уста, их отношение к работе в мирное время было примером для коллег. Врач-офтальмолог Надежда Лаврентьевна Киряева, которая проработала в Поликлинике с 1977 года более 25 лет, по воспоминаниям коллег, очень отзывчивый, энергичный и деятельный человек, уже в преклонном возрасте она всегда ходила пешком не менее 2 км в день. По словам врача-офтальмолога С.А.Покровской, Надежда Лаврентьевна — «высококвалифицированный специалист, блестящий диагност, который при помощи самых простых инструментов ставил точные диагнозы и назначал эффективное лечение». Ей вторит врач-офтальмолог Т. И. Пугачева: «Она ни минуты не сидела без дела, и сейчас продолжает работать в поликлинике МФТИ г. Долгопрудный».
Участник трудового фронта, награжденная орденом «Знак почета», знаками «За доблестный труд в Кремлевской медицине» и «Отличник здравоохранения», медалью «За доблестный труд во время Великой Отечественной войны» и многими другими, Н. Л. Киряева поделилась с нами своими воспоминаниями: «Войну я встретила школьницей, наша семья жила тогда в Смоленске, так что все ужасы войны мы испытали в полной мере. Город переходил из рук в руки, его беспрестанно бомбили и наши, и немецкие самолеты. Каждый день гибли знакомые, друзья, родные, рушились дома. Никому не пожелаешь испытать такого ада. В силу возраста я в боевых действиях не участвовала, но всю войну проработала в эвакуационном госпитале. Помогала врачам, перевязывала и кормила раненых, выносила утки, делала все, что придется. Каждый день после школы я шла на свою работу, так что именно военные годы определили мое будущее. У меня сохранились прекрасные воспоминания о Поликлинике и моих коллегах. К нам с большим уважением относились наши пациенты. Помню, как маршал С.Л.Соколов всегда вставал и отдавал нам честь. Мы со своей стороны блюли честь нашего «мундира». Я особенно хочу отметить ответственность, которую мы все осознавали, и дисциплину, которая царила в Поликлинике».
Единственный ветеран Великой Отечественной войны, которая до сих пор работает в Поликлинике, посвятив ей более 60 лет своей трудовой жизни, — это Елена Александровна Брашнина, сотрудник центральной медицинской регистратуры. Ветеран трудового фронта и «Ветеран труда», награжденная медалью «За доблестный труд во время Великой Отечественной войны», Е. А. Брашнина вспоминает свою войну: «Когда началась война, я была в пионерском лагере в Тучково. 7 июля наш лагерь эвакуировали в городок Юрьевец на Волге (помню бомбежку, под которую мы попали под поселком Юдино), потом в ноябре 1941 г — в Омск. Там мы — дети 10—15 лет — работали на военной базе Сибирского военного округа, куда привозили военную технику. Под руководством опытных специалистов мы осматривали ее, находили дефекты и ремонтировали, приводили в порядок, настраивали прицелы, работая на совесть. В 1943 г. мы вернулись в Москву, я пошла работать учеником электромонтера в Дом звукозаписи, затем поступила в медицинское училище им. Н. Ф. Филатова. А 22 июня 1951 года я пришла на работу в Поликлинику. 10 лет я работала диспетчером в отделении скорой помощи, следующие 30 лет — старшей медицинской сестрой кожно-венерологического отделения. Все годы в Поликлинике уделялось особое внимание квалификации медицинского персонала. Мы постоянно изучали передовые и новейшие медицинские методики, каждые три месяца сдавали соответствующие экзамены. Все пригодилось».
Многие наши ветераны ушли из жизни, но не из нашей памяти. Бывший начальник Главного аптечного управления МЗ СССР Михаил Алексеевич Клюев был легендарной личностью, его называли «главным аптекарем Союза». Вот что он вспоминал о военных годах: «Когда началась война, я фактически жил на работе. Мы спасали наши учреждения от бомбежек, как могли, но многие здания все же пострадали, в т. ч. и кремлевская аптека, в которую попала бомба. В октябре 1941 г. наше Управление эвакуировалось в Куйбышев, а в марте того же года меня отозвали назад, в Москву. Я приехал и стал организовывать работу аптеки на ул. Грановского. Здание было полуразрушенное, поэтому под аптеку пришлось занять часть склада. Снабжение пришлось организовывать заново, т. к. часть имущества находилась в эвакуации, да и некоторые фармацевтические предприятия оказались на оккупированных территориях...».
Условия работы тогда были экстремальные, а требования к врачам — столь же высокие, как и до войны. И люди совершали невероятное. М. А. Клюев рассказывал об одном таком случае: «В 1942 г. весной, уже в Москве, меня вызывает управляющий аптекой Яков Маркович Гольденберг и говорит:
— Нужен валидол.
А где я возьму валидол в 1942-м?! Киев, где находился завод — производитель валидола — взят, все оккупировано. Но делать нечего, надо как-то выходить из положения, изучать состав и делать валидол.
Говорю:
— Нужно хорошее лабораторное оборудование; в обычной посуде валидол не сделаешь.
Гольденберг мне все достал:
— Бери и делай.
— А где? Здесь, на Грановского? Всё может взорваться. Я-то ладно, так тебя посадят. Я лучше поеду на Хуторскую. Там как раз новый аптечный склад строился, там и электричество было. На этом складе, на лабораторном столе, смонтировал аппарат. Три дня не выходил из неотапливаемого помещения и два литра валидола «отогнал». Состав моего валидола проанализировали в лаборатории и дали добро на применение».
Маршал И. Х. Баграмян, как и многие отечественные военачальники, отдавал должное работе медиков в годы войны, признавая их великий вклад в общее дело победы над фашизмом: «Для нас, ветеранов Великой Отечественной войны, образ военного медика останется олицетворением высокого гуманизма, мужества и самоотверженности».
